พิธีมอบรางวัลภาพยนตร์แห่งชาติ สุพรรณหงส์ ครั้งที่ 16 ประจำปี พ.ศ. 2549 จัดโดยสมาคมสมาพันธ์ภาพยนตร์แห่งชาติ จัดขึ้นเมื่อคืนวันที่ 9 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2550 ณ สวนรัก อนุสาวรีย์ท้าวสุรนารี จังหวัดนครราชสีมา โดยมี นายสุวัจน์ ลิปตพัลลภ เป็นประธาน ภาพยนตร์ที่เข้าประกวดมีทั้งหมด 41 เรื่อง จากภาพยนตร์ที่ออกฉายในปี พ.ศ. 2549 ภาพยนตร์เรื่อง 13 เกมสยอง เข้าชิงมากที่สุด 13 รางวัล จากทั้งหมด 16 รางวัล โดยไม่มีภาพยนตร์จาก ไฟว์สตาร์ โปรดักชั่น เข้าประกวด เนื่องจากความขัดแย้งในการประกวดประจำปี 2548 ( คือเรื่อง เปนชู้กับผี และ Invisible Waves คำพิพากษาของมหาสมุทร )ผู้ชนะรางวัล จะเน้นด้วย ตัวหนา